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Dryad

研究領域やファイルフォーマットを問わず、プロジェクトのデータを共有できるオープンリポジトリ。登録するとDOIが自動で付与される。独立した非営利組織によって運営されており、研究者、出版社、研究機関と連携してデータセットを公…続きを読む

DScribeは、原子構造から特徴記述子を生成するオープンソースのPythonライブラリである。材料情報学や機械学習で頻用されるCoulomb行列、SOAP（Smooth Overlap of Atomic Positi…続きを読む

Dyramoは、複数の物性予測モデルの信頼性（適用範囲／Applicability Domain）を考慮しながら生成モデルによる多目的最適化を実行し、報酬ハッキングを回避しつつ有望候補（例：分子）を探索するためのフレーム…続きを読む

ElMD は材料組成（化学式）同士の化学的類似度を、元素比の分布を別の分布へ移し替えるための最小仕事量として定義するElement Movers Distance（Earth Mover’s Distance／Wasse…続きを読む

EMPeaksは、XPSやラマン等の分光スペクトルを対象に、スペクトルを混合確率分布とみなしてSpectrum Adapted EM/ECMアルゴリズムでピーク分離・フィッティングを高速かつ自動で実行するオープンソース解…続きを読む

Expasy（Expert Protein Analysis System）は、スイス生物情報学研究所（SIB Swiss Institute of Bioinformatics）によって運営される、生物学およびバイオイ…続きを読む

FactSageは、化学熱力学の計算とデータ解析を支援する統合ソフトウェアであり、世界最大級の熱力学データベースと平衡計算機能を備えている。材料科学、製錬、腐食、燃焼、セラミックス、地質学など幅広い分野で利用され、数千種…続きを読む

論文や図表、データセット等を公開するためのデータリポジトリ。分野は限定されていないものの、生物系の分野のデータが多く含まれている。登録した研究者がデータをクラウド上にアップロードし、公開、共有する事が可能。引用のためのD…続きを読む

ハイスループット計算などのワークフローを定義、管理、実行するためのオープンソースコード。ワークフローはPython, JSON, YAMLで定義し、MongoDBに保存される。内蔵のWebインターフェースを用いたワークフ…続きを読む

このコードは、ガウス過程手法に基づいて機械学習用の原子間ポテンシャルを作成することを目的としている。そのポテンシャルは、LAMMPSやASEなどのMDエンジンと組み合わせて使用可能である。ガウス過程自体は、回帰タスクに適…続きを読む