2DMATは,順問題ソルバーに対して探索アルゴリズムを適用して最適解を探すためのフレームワークである. 順問題ソルバーはユーザー自身で定義することができ、標準的な順問題ソルバーとしては2次元物質構造解析向け実験データ解析…続きを読む
DB・解析ツール一覧
AAindex
AAindexは、タンパク質のアミノ酸配列に関連する生物物理的および化学的特性を集めたデータベースである。アミノ酸の水溶性、疎水性、電荷、大きさ、形状などの物理化学的特性に関するデータを提供し、タンパク質の機能、立体構造…続きを読む
AFLOWpi
ハイスループット第一原理計算を実行するためのPythonフレームワーク。フォノン分散、弾性特性、拡散輸送係数などを第一原理的に計算するには大規模な計算セットを必要とし、AFLOWpiはこのような計算を管理する事を目的とし…続きを読む
AiiDA
計算タスクやデータの管理を支援するためのオープンソースのPythonライブラリ。計算の入力、出力、メタデータの履歴を記録する事が可能。これによってハイスループット計算を実行してシステマティックなデータベースの生成が可能。…続きを読む
atomate
材料計算の自動化のためのオープンソースライブラリ。構造最適化、バンド構造、電子輸送特性、誘電率など幅広い材料特性を計算するための標準ワークフローが用意されており、結晶構造を与えるだけでこれらが利用出来る。計算パラメータの…続きを読む
AtomWork-Adv
無機材料の結晶構造、X線回折、各種特性(電子・電気特性、磁気特性、機械的特性、光学特性、相変態、超電導特性、熱・熱力学特性)、状態図に関して、約1000種類のジャーナルから抽出し、収録したデータベース。検索機能が充実して…続きを読む
Cambridge Structure Database (CSD)
ケンブリッジ結晶学センター(CCDC)が運営する低分子有機・有機金属結晶構造のデータベース。2023年2月現在、120万を超える構造が登録されており、構造をCIFファイルの形式で取得できるほか、WEB上で3次元構造、2次…続きを読む
ChatGPT
ChatGPTは、OpenAIによって開発された大規模言語モデルであり、自然言語処理において優れた能力を持つ人工知能である。ユーザーとの対話を通じて、幅広いトピックに関する質問に答えたり、文章生成や翻訳、テキスト要約など…続きを読む
ChEMBL
ChEMBLは、生物学的に活性な化合物に関する包括的なデータベースであり、薬剤発見と開発において重要なリソースである。このデータベースには、薬理学的ターゲット、化合物の活性データ、薬物構造、薬物標的の相互作用などの幅広い…続きを読む
ChIP-Atlas
ChIP-Atlasは、公開されているChIP-seq(クロマチン免疫沈降シーケンシング)データを統合し、可視化するオープンアクセスデータベースである。様々な種や条件下でのタンパク質-DNA相互作用やエピジェネティックな…続きを読む