DB・解析ツール一覧

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PANDAT

PANDATは、物質科学と工学の分野で使用されるソフトウェアツールであり、合金の相図計算と材料設計に特化している。合金系の相図と熱力学的性質を計算する機能を備え、液相、固相、気相などの相の安定性と形成に関する情報を提供す続きを読む

PHYSBO

高速でスケーラブルなベイズ最適化 (Bayesian optimization) のためのPythonライブラリ。できるだけ少ない実験・シミュレーション回数で、目的関数値(材料特性など)が良くなるパラメータ(材料の組成、続きを読む

PolyInfo

高分子材料設計にかかわる基礎的なデータを収録するデータベース。物質・材料データベースMatNaviのひとつとして、NIMSが提供している。2万件以上の学術文献から高分子材料設計にかかわるデータを収集しており、IUPAC準続きを読む

Protein Data Bank (PDB)

生体高分子(タンパク質、DNA、RNA、糖鎖など)の立体構造データとそのメタデータを集めたデータベース。X線結晶解析法やNMR法(核磁気共鳴法)、クライオ電子顕微鏡法、X線・中性子ハイブリッド法などの認定された実験手法に続きを読む

PubChem

PubChemは、化学物質、生物活性、化学反応に関する情報を提供する無料のデータベースであり、アメリカ国立衛生研究所の国立生物工学情報センターによって管理されている。数百万の化学物質に関する広範なデータが含まれており、識続きを読む

PubChemQC

PubChemQCは、PubChemに収録されている化合物の量子化学計算に基づいて構築された化学構造の最適化に特化したデータベースである。量子化学的手法を用いた化合物の構造最適化データを提供し、化合物の最適化された幾何学続きを読む

pymatgen

材料解析のためのオープンソースPythonライブラリ。Materials ProjectやCrystallography Open Database等の外部データソースとの連携を特徴としており、APIを通して構造データな続きを読む

PyTorch

PyTorchは、ディープラーニングの研究と開発を目的としたオープンソースの機械学習ライブラリである。FacebookのAIリサーチチームによって開発され、Pythonとの親和性が高く、動的計算グラフを採用しているのが特続きを読む

RNAPSEC (RNA Phase Separation with detailed Experimental Conditions)

RNAPSEC(RNAPhaSep with detailed Experimental Conditions)は、タンパク質とRNAが液-液相分離(LLPS)を引き起こす詳細な条件を収録したデータセットである。LLPS続きを読む