SMILES-X

SMILES-Xは、分子のSMILESのみを入力として物理化学的性質、例えば溶解度や水和自由エネルギー、リポフィリシティなどの特性を予測するための自動パイプラインである。このツールは、人間が設計した記述子を必要とせず、特に小さなデータセット(<< 1000 サンプル)に特化して設計されている。ユーザーは、ベイズ最適化を通じて特定のニューラルアーキテクチャを設計したり、設計されたモデルのアンサンブルに基づいてSMILESのリストの分子特性を予測したり、特性に関連する顕著な要素やサブストラクチャを視覚化することで予測を解釈することが可能である。

基本情報

公式サイト https://github.com/Lambard-ML-Team/SMILES-X
公開度 ★★★
ライセンス

MIT License

開発者

Guillaume Lambard (National Institute for Materials Science)

Ekaterina Gracheva (National Institute for Materials Science, University of Tsukuba)

対応OS・利用環境
  • python 3.7

CPUよりもGPUでの使用が推奨されている。GPUを使う場合は、

  • CUDA=10.1
  • cuDNN=8.0.3

が必要。