公式サイト | https://github.com/ycu-iil/RNAPSEC |
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公開度 | ☆☆☆ |
ダウンロードページ | https://github.com/ycu-iil/RNAPSEC |
RNAPSEC (RNA Phase Separation with detailed Experimental Conditions)
RNAPSEC(RNAPhaSep with detailed Experimental Conditions)は、タンパク質とRNAが液-液相分離(LLPS)を引き起こす詳細な条件を収録したデータセットである。LLPSは細胞内で特定の機能を果たす膜のない凝縮体の形成に関与しており、その異常は神経変性疾患などの病気に関連している。RNAPSECは、RNAPhaSep (Nucleic Acids Res. 2022, 50, D340)に収録されている論文に基づいているが、RNAPhaSepには収録されていないpH、温度、塩濃度などの実験条件と、タンパク質やRNAの濃度といった特性が詳細に記録されている。また、RNAPSECを用いて指定された条件のもとでタンパク質とRNAがLLPSを起こすか否かを予測するモデル、および入力されたタンパク質とRNAがLLPSを起こす条件を予測するモデルも併せて公開されている。